1 、在安全模式或純DOS模式下清除病毒
　　當計算機感染病毒的時候，絕大多數的感染病毒的處理可以在正常模式下徹底清除病毒，這里說的正常模式準確的說法應該是實模式（Real Mode），這里通俗點說了。其包括正常模式的 Windows 和正常模式的 Windows 下的 "MS-DOS 方式 " 或 " 命令提示符 " 。 但有些病毒由于使用了更加隱匿和狡猾的手段往往會對殺毒軟件進行攻擊甚至是刪除系統中的殺毒軟件的做法，針對這樣的病毒絕大多數的殺毒軟件都被設計為在安全模式可安裝、使用、執行殺毒處理。 　
　　 在安全模式（Safe Mode）或者純DOS下進行清除時，對于現在大多數流行的病毒，如蠕蟲病毒、木馬程序和網頁代碼病毒等，都可以在安全模式下徹底清除的，不必要像以前那樣必須要用軟盤啟動殺毒；但對于一些引導區病毒和感染可執行文件的病毒才需要在純 DOS下殺毒（建議用干凈軟盤啟動殺毒）。而且，當計算機原來就感染了病毒，那就更需要在安裝反病毒軟件后（升級到最新的病毒庫），在安全模式（Safe Mode）或者純DOS下清除一遍病毒了！  
2 、帶毒文件在\Temporary Internet Files目錄下
　　由于這個目錄下的文件，Windows 會對此有一定的保護作用，所以對這個目錄下的帶毒文件即使在安全模式下也不能進行清除，對于這種情況，請先關閉其他一些程序軟件，然后打開 IE ，選擇IE工具欄中的 " 工具"\"Internet 選項 "，選擇 " 刪除文件 " 刪除即可，如果有提示" 刪除所有脫機內容 "，也請選上一并刪除。 
3 、帶毒文件在 \_Restore 目錄下，*.cpy 文件中
　　這是系統還原存放還原文件的目錄，只有在裝了Windows Me/XP 操作系統上才會有這個目錄，由于系統對這個目錄有保護作用。
　　對于這種情況需要先取消" 系統還原 " 功能，然后將帶毒文件刪除，甚至將整個目錄刪除也是可以的。 
4 、帶毒文件在.rar 、.zip 、.cab 等壓縮文件中
　　對于絕大多數的反病毒軟件來說，現在的查殺壓縮文件中病毒的功能已經基本完善了，單是對于一些特殊類型的壓縮文件或者加了密碼保護的壓縮文件就可能直接清除了。
　　要清除壓縮文件中的病毒，建議解壓縮后清除，或者借助壓縮工具軟件的外掛殺毒程序的功能，對帶毒的壓縮文件進行殺毒。 
5 、病毒在引導區或者SUHDLOG.DAT或SUHDLOG.BAK文件中
　　這種病毒一般是引導區病毒，報告的病毒名稱一般帶有 boot 、 wyx 等字樣。如果病毒只是存在于移動存儲設備（如軟盤、閃存盤、移動硬盤）上，就可以借助本地硬盤上的反病毒軟件直接進行查殺；
　　 如果這種病毒是在硬盤上，則需要用干凈的可引導盤啟動進行查殺。 對于這類病毒建議用干凈軟盤啟動進行查殺，不過在查殺之前一定要備份原來的引導區，特別是原來裝有別的操作系統的情況，如日文Windows 、Linux 等。 如果沒有干凈的可引導盤，則可使用下面的方法進行應急殺毒：
(1) 在別的計算機上做一張干凈的可引導盤，此引導盤可以在Windows 95/98/ME 系統上通過 " 添加／刪除程序 " 進行制作，但要注意的是，制作軟盤的操作系統須和自己所使用的操作系統相同；
(2) 用這張軟盤引導啟動帶毒的計算機，然后運行以下命令：
A:\>fdisk/mbr
A:\>sys a: c: 
　　 針對 NT 構架的操作系統可首先安裝“管理員控制臺”，安裝后使用管理員控制臺，然后分別執行 fixmbr （恢復主引導記錄）和 fixboot （恢復啟動盤上的引導區）命令對引導區及啟動信息進行修復。
如果帶毒的文件是在 SUHDLOG.DAT 或 SUHDLOG.BAK 文件中，那么直接刪除即可。這是系統在安裝的時候對硬盤引導區做的一個備份文件，一般作用不大，病毒在其中已經不起作用了。  
6 、帶毒文件在一些郵件文件中，如 dbx 、 eml 、 box 等
　　絕大多數的防毒軟件可以直接檢查這些郵件文件中的文件是否帶毒，對于郵箱中的帶毒的信件，可以根據用戶的設置殺毒或刪除帶毒郵件，但是由于此類郵箱的復合文件結構，易出現殺毒后的郵箱依舊可以檢測到病毒情況，這是由于沒有壓縮郵箱進行空間釋放的原因導致的，您可以嘗試在 Outlook Express 中選擇“工具” — 〉“選項” — 〉“維護” — 〉“立即清除” — 〉“壓縮”
7 、文件中有病毒的殘留代碼
　　這種情況比較多見的就是帶有 CIH 、Funlove 、宏病毒（包括 Word 、 Excel 、 Powerpoint 和 Wordpro 等文檔中的宏病毒）和個別網頁病毒的殘留代碼，通常防毒軟件對這些帶有病毒殘留代碼的文件報告的病毒名稱后綴通常是 int 、 app 等結尾，而且并不常見，如 W32/FunLove.app 、W32.Funlove.int 。一般情況下，這些殘留的代碼不會影響正常程序的運行，也不會傳染，如果需要徹底清除的話，要根據各個病毒的實際情況進行清除。 
8 、文件錯誤
　　這種情況出現的并不多，通常是由于某些病毒對系統中的關鍵文件修改后造成的，異常的文件無法正常使用，同時易造成別的系統錯誤，針對此種情況建議進行修復安裝的方法恢復系統中的關鍵文件。 
9 、加密的文件或目錄
　　對于一些加密了的文件或目錄，請在解密后再進行病毒查殺。 
10 、共享目錄殺毒
　　這里包括兩種情況：本地共享目錄和網絡中遠程共享目錄（其中也包括映射盤）。 　
　　遇到本地共享的目錄中的帶毒文件不能清除的情況，通常是局域網中別的用戶在讀寫這些文件，殺毒的時候表現為無法直接清除這些帶毒文件中的病毒，如果是有病毒在對這些目錄在寫病毒操作，表現為對共享目錄進行清除病毒操作后，還是不斷有文件被感染或者不斷生成病毒文件。以上這兩種情況，都建議取消共享，然后針對共享目錄進行徹底查殺，恢復共享的時候，注意不要開放太高的權限，并對共享目錄加設密碼。 對遠程的共享目錄（包括映射盤）查殺病毒的時候，首先要保證本地計算機的操作系統是干凈的，同時對共享目錄也有最高的讀寫權限。如果是遠程計算機感染病毒的話，建議還是直接在遠程計算機進行查殺病毒。
　　特別的，如果在清除別的病毒的時侯都建議取消所有的本地共享，再進行殺毒操作。在平時的使用中，也應注意共享目錄的安全性，加設密碼，同時，非必要的情況下，不要直接讀取遠程共享目錄中的文件，建議拷貝到本地檢查過病毒后再進行操作。 
11 、光盤等一些存儲介質
　　對于光盤上帶有的病毒，不要試圖直接清除，這是因為光盤上的文件都是只讀的原因導致的。同時，對另外一些存儲設備查殺病毒的，也需要注意其是否處于寫保護或者密碼保護狀態。